ความกังวลอีกประการหนึ่งของผู้เลี้ยงแกะคือการปกป้องปศุสัตว์ แกะมีศัตรูตามธรรมชาติมากมาย เช่น โคโยตี้ (อเมริกาเหนือ) สุนัขจิ้งจอก (ยุโรป) หมาป่าดิงโก (ออสเตรเลีย) และสุนัข ลูกแกะแรกเกิดในทุ่งหญ้าจะอ่อนแอเป็นพิเศษ และยังตกเป็นเหยื่อของอีกา นกอินทรี และอีกาอีกด้วย นอกจากนี้ พวกมันยังไวต่อในบางพื้นที่ ซึ่งในตัวมันเองนำไปสู่การคิดค้นวิธีปฏิบัติ เช่น การล่อ อาจเลี้ยงแกะไว้ในทุ่งหรือคอกที่มีรั้วกั้น เกษตรกรต้องแน่ใจว่ารั้วได้รับการดูแลอย่างดีเพื่อป้องกันไม่ให้แกะเดินไปบนถนนหรือทรัพย์สินของเพื่อนบ้าน อีกทางหนึ่งคือพวกมันอาจ "***น" (ถูกฝึกให้อยู่ในบริเวณใดบริเวณหนึ่งโดยไม่ต้องมีรั้วกั้น) สายพันธุ์ Herdwick ที่บึกบึนเป็นที่รู้จักกันดีในเรื่องความใกล้ชิดกับการมีน้ำหนัก อาจจ้างคนเลี้ยงแกะและสุนัขต้อนแกะเพื่อป้องกันฝูงสัตว์ ในฟาร์มขนาดใหญ่ สุนัขและคนขี่บนหลังม้าหรือมอเตอร์ไซค์อาจต้อนฝูงแกะ การทำเครื่องหมาย แกะ พื่อระบุตัวตนมักทำโดยใช้แท็กแกะ - แท็กหูชนิดหนึ่ง ในบางพื้นที่ แกะยังคงระบุได้โดยใช้รอยบากที่หูซึ่งเรียกว่าการมาร์กหู โดยใช้เครื่องมือที่ออกแบบมาเป็นพิเศษ (คีมมาร์กหู) หรือเครื่องมือตัดอื่นๆ