ผลข้างเคียงหลังการทำเลสิกแบบเฟมโตซีก  พบได้น้อย ผู้ป่วยอาจมีอาการตาแห้งหรือมีแสงสะท้อนมากเกินไปในตอนกลางคืน ซึ่งจะหายไปเองภายใน 3-6 เดือน หลีกเลี่ยงการขยี้ตาในช่วง 2 สัปดาห์แรก เพราะอาจทำให้กระจกตาระคายเคืองได้ เลเซอร์ สวมที่ครอบตาหรือแว่นตาขณะนอนหลับเป็นเวลา 1 สัปดาห์ เพื่อป้องกันการขยี้ตา หลีกเลี่ยงการให้น้ำเข้าตาเป็นเวลา 1 สัปดาห์ ใช้ยาหยอดตาตามที่จักษุแพทย์สั่ง หลีกเลี่ยงอาการปวดตา เช่น จากการอ่านหรือใช้คอมพิวเตอร์ การนัดตรวจติดตามอย่างสม่ำเสมอเพื่อติดตามกระบวนการบำบัดเป็นเวลา 6 เดือนถึง 1 ปี